微生物測序
微生物組（Microbiome）是指一個特定環境或生態系統中全部微生物及其遺傳信息的集合,?蘊藏著極為豐富的微生物資源。全面系統地解析微生物組的結構和功能,?將為解決人類面臨的能源、生態環境、工農業生產和人體健康等重大問題帶來新思路
細菌完成圖（三代測序）
基因組是闡釋生命現象和揭示生命規律的重要手段，三代PacBio HiFi測序模式可產生既兼顧長讀長，又具有高精度的測序結果，貝瑞基因HiFi細菌完成圖測序，即利用PacBio HiFi測序模式對細菌物種進行基因組de novo組裝，從而獲得該細菌種完整基因組序列，該技術大大提升了細菌基因組組裝的完整性和準確性，可真正實現細菌0 gap組裝。
真菌精細圖（三代測序）
三代真菌精細圖，即采用PacBio測序平臺，利用高深度三代數據進行真菌基因組de novo組裝，獲得真菌基因組序列信息的一種技術手段。真菌基因組一般在10M-150M，有多核和雜合等現象，利用三代測序技術的優勢破譯真菌基因組，能克服二代測序對高GC、高重復、高雜合位置檢出不準確的現象，得到更加完整和均勻的基因組，結合HiC輔助組裝技術可獲得染色體水平全基因組序列圖譜，此外，測序同時還可獲得甲基化修飾位點信息。
全長16s（三代測序）
常規二代16S僅針對單個可變區或者連續兩到三個可變區進行測序，而基于PacBio HiFi測序的全長16S（V1-V9）可獲取微生物16S的全長序列，突破了二代測序讀長較短的局限性，能夠更好的實現微生物在種水平上的分類， 可獲得物種分類、豐度、種群結構等更加深入和全面的信息。基于PacBio HiFi測序技術的全長16s測序為微生物多樣性研究提供了強有力的技術手段。
宏基因組（二代測序）
二代宏基因組測序技術是依托二代測序平臺以特定環境中的整個微生物群落作為研究的對象，不需要對微生物進行分離培養，提取環境微生物總DNA進行研究，進行微生物群體的物種分類、復雜度分析、群落結構、功能注釋、樣品間的物種或基因差異及物種間的代謝網絡研究。與傳統微生物研究方法相比，宏基因組測序技術規避了絕大部分微生物不能培養、痕量菌無法檢測的缺點。
應用方向
- 精準醫療：探究腸道、皮膚、陰道等菌群環境對疾病的影響，尋找與代謝類疾病、消化類疾病、自身免疫性疾病等相關的biomarker及與癌癥相關的治療靶點；
- 藥物代謝：探究功能食品、中藥的體內代謝及藥效機制；
- 傳統發酵生產：關鍵風味物質溯源及控制發酵微生物菌種優化改良，及特殊功能菌株、基因挖掘、工程菌開發等；
- 畜牧漁養殖：研究腸道、瘤胃等微生物與動物繁殖、生長發育、營養健康、免疫和疾病治療等的互作關系、對環境的響應及對生產的影響；
- 大農業：研究根系微生物對植物生長、抗逆的影響，指導種植方式；
- 環境領域：研究特定環境下微生物研究，解決有機肥發酵處理、污水治理、石油降解、水體及海洋環境等環境相關問題；
案例解析
基于HiFi reads的分類分辨率。(A) HiFi和NGS讀數具有(已知)/不具有(未知)分類信息的百分比。(B和C)基于19個全長18S-OTUs (B)和207個全長16S-OTUs (C)的系統進化樹
利用HiFi宏基因組測序技術改進西藏鹽湖沉積物中宏基因組組裝和病毒組裝
該文通過應用長讀長測序技術和短讀長測序技術對青藏高原鹽湖沉積物樣品進行測序，評估了不同組裝策略在宏基因組組裝和病毒組裝中的性能。28.9% 的 NGS 讀取可以分配到已知的分類等級，而HiFi數據的讀取分配率為90.8%，大約是NGS的三倍。HiFi reads的物種級別分配率為67.19%，而短讀長的相應比率僅為5.59%，說明HiFi reads在分類方面的強大能力。總共鑒定出17個最小相對豐度大于0.1%的門，大大超過了NGS技術的檢索性能。這為復雜環境樣品的物種組成研究，特別是對真核微生物的了解提供了便利。
參考文獻：Tao Y, Xun F, Zhao C, Mao Z, et al. Improved Assembly of Metagenome-Assembled Genomes and Viruses in Tibetan Saline Lake Sediment by HiFi Metagenomic Sequencing. Microbiol Spectr. 2023 Feb 14;11(1):e0332822.
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